Родился 27 июля 1911 года в посёлке Ростовцевском Карасукской волости Тюкалинского уезда Тобольской губернии. Получил неполное среднее образование. До войны работал сначала в колхозе, затем шахтером на Кангаласских угольных копях, приисках Аллах-Юня Якутской АССР. Призван в армию в июле 1941 года Якутским ГВК.

С 1942 года — на фронтах Великой Отечественной войны. Принимал участие в Курской битве. К октябрю 1943 года сержант, командир отделения взвода пешей разведки 467-го стрелкового полка 81-й стрелковой дивизии 61-й армии Центрального фронта.

Отличился во время битвы за Днепр. В ночь на 1 октября 1943 года, находясь в составе ударной группы, переправился через Днепр в районе деревни Глушец Лоевского района Гомельской области Белорусской ССР и принял активное участие в боях за захват и удержание плацдарма на его западном берегу. Группа приняла основной удар на себя, пока в 600 метрах переправлялись основные силы. Отразил с товарищами 6 вражеских контратак, уничтожив более 60 солдат и офицеров противника, 9 из которых уничтожил лично.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 января 1944 года за «образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм» сержант Владимир Колбунов был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» за номером 1668.

Участник Парада Победы в Москве. Награжден орденами Ленина, Отечественной войны 1 степени, медалями.

После войны В.А. Колбунов вернулся в Якутию, работал экскаваторщиком на прииске Ыныкчан в тресте «Джугджурзолото», затем – на Бриндакитском месторождении. Когда были открыты месторождения алмазов, в 1957 году  Колбунова перевели в Мирный, где он работал экскаваторщиком карьера трубки «Мир». С 1958 года жизнь Владимира Акимовича была неразрывно связана с трестом «Якуталмаз».

В.А. Колбунов скончался 6 октября 1998 года, похоронен в Мирном. В память о Герое в Мирном по ул. Ленина, 10, где жил Владимир Акимович, установлена мемориальная доска. Имя В.А. Колбунова присвоено одной из улиц п. Кангалассы. В п. Большеречье Омской области установлен бюст Героя в Аллее памяти.

В честь Героя назван один из крупных ювелирных алмазов весом 76,15 карата, добытый на обогатительной фабрике № 3 г. Мирного.